集成光电子学国家重点联合实验室1987年由清华大学、吉林大学和中国科学院半导体研究所联合倡议并组建，1991年1月通过国家计委和国家科委等有关部门的验收后正式对外开放。2007年评估结束后，清华大学实验区参与组建并加入清华信息科学与技术国家实验室（筹），本实验室开始由吉林大学和中国科学院半导体研究所两个实验区联合运行。
在国家有关部门和依托单位的关心与大力支持下，联合实验室取得了快速发展和长足进步，在历次国家相关部门组织的评估与总结活动中均名列前茅。
1991年国家科委和基金委的实验室评估中被评为A类；
1994年国家教委所属国家重点实验室评估中被评为A类；
2002年信息领域国家重点实验室评估中，被评为“优秀实验室”；
2007年信息领域国家重点实验室评估中，被评为“优秀实验室”；
2012年信息领域国家重点实验室评估中，被评为“优秀实验室”。
1994年召开的“国家重点实验室建设十周年总结大会”上被评为“优秀实验室”并获“国家重点实验室计划先进集体奖（金牛奖）”，罗毅教授和刘式墉教授获“国家重点实验室计划先进个人（金牛奖）”；
2004年召开的“国家重点实验室计划实施二十周年和国家重点基础研究发展计划实施五周年纪念大会”上，联合实验室再次获得“国家重点实验室计划先进集体奖(金牛奖)”，罗毅教授荣获“国家重点实验室计划先进个人（金牛奖）”并作为获奖代表上台接受颁奖，王启明院士荣获“973计划先进个人”称号。
安俊明课题组成果获河南省科技进步一等奖[17/06/20]
我室的可见光通信研究成果入选“2016光通信十大技术”[17/03/07]
祝宁华课题组成果获中国通信学会技术发明一等奖[17/01/20]
祝宁华课题组成果获中国光学工程学会科技创新一等奖[16/12/20]
我室“宽带微波信号产生与传输的光子技术“成果荣获2016年中国光学工程学会创新技术奖一等奖[16/05/10]
热烈祝贺我室安俊明研究员课题组荣获2014年度中国科学院科技促进发展奖“科技贡献一等奖”[15/01/30]
郑婉华课题组研究成果获北京市科学技术奖二等奖[14/04/02]
“植物LED光环境精准调控及节能高效生产技术研究及应用”获中华农业科技奖二等奖[14/02/01]
热烈祝贺我室祝宁华研究员率领团队获得2013年国家科技发明二等奖[14/01/15]
“便携式人体生理信号监测系统研发及应用”获天津市科学技术二等奖[13/06/20]
我室“基于硅基光子集成芯片的生物靶标识别鉴定交叉研究团队”入选2012年度中科院科技创新“...[12/05/24]
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谭满清课题组荣获2008年度中国科学院半导体研究所质量控制奖