植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室依托中国科学院昆明植物研究所，实验室于2001年10月经科技部批准开始建设，建设时间为2001年10月—2002年10月。

研究室的研究方向为：以我国西部地区丰富的植物资源为研究对象，以有机化学为基础，运用化学和现代分析手段，开展植物化学成分的结构测定、生物活性与功能、结构修饰与合成、分布及演化规律的研究，与相关学科相结合，为我国尤其是西部地区创新植物药和中药现代化的发展及植物资源的可持续利用作出贡献。主要研究内容有：生物活性成分及天然先导化合物的研究；新结构、新类型植物化学成分的研究；植物新药及生物农药的研究；药用植物资源及有效成分分布和演化规律的研究；植物资源的可持续利用研究。

研究室以自身研究实力与区域植物资源优势相结合，充分利用中国科学院昆明植物研究所多学科的综合优势开展创新性研究工作，在植物环肽、倍半萜、二萜、三萜、C21和C27甾体及植物各类配糖体的研究方面形成了优势和特色。主持了国家自然科学基金重点项目、973项目、科技部和国家计委攻关和产业化项目、以及中国科学院重大项目近20余项。2001-2005年期间发表学术论文505篇，其中在SCI刊物上发表412篇；编写专著7部；申请专利36项，授权29项；有的专利已转让并获得实际效益。在药用植物资源研究方面，对著名中药材所属植物类群的地理分布、化学成分、活性成分、化学分类、资源评价等进行了系统的研究，为这些植物类群的开发利用提供了科学依据。在天然药物的研制方面，以特色传统药物、民族和民间药物资源和化学研究为基础，研究开发出20个植物药。近期研制的具有自主知识产权的抗老年痴呆症、抗肿瘤、溶栓、抗HIV的新药有的已进入临床研究。在香料、油脂植物资源、农药等方面的研究也取得一批研究成果。